Le Contrôleur financier a une mission générale de contrôle de la gestion de l'établissement et de la surveillance de toutes les opérations susceptibles d'avoir directement une répercussion économique ou financière.
Il examine les engagements soumis à son visa, du point de vue de la disponibilité des crédits, de l'exactitude des évaluations, de l'imputation de la dépense et de leur conformité avec les décisions et délibérations du Conseil d'Administration.

Sont soumis au visa préalable du Contrôleur financier, accompagnés de toutes pièces justificatives:

- les ouvertures de crédits et les décisions de modification;
- les décisions portant recrutement et promotion des personnels de l'Agence;
- les marchés, contrats ou commandes portant engagement de dépenses de matériel ou de travaux dont le montant est supérieur à une somme fixée par le Conseil d'Administration;
- les cessions et acquisitions d'éléments patrimoniaux de l'Agence d'une valeur unitaire supérieure à une somme dont le montant est fixé par le Conseil d'Administration;
- l'ordonnancement des recettes et des dépenses.